どのような調査官に当たるのか?

どのような調査官が担当するかどうかは、会社の規模によっても変わってくると思います。 問題がありそうな会社を調査する際は、ベテランの方を行かせるなど、最終的に統括官がどの調査官にどの会社の調査をさせるかを検討するのではないかと思います。

調査官が新人かベテランかで、内容に違いはあるのでしょうか?

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新人の調査官の場合、税務大学校を卒業し、最初に配属された際には先輩に付き添って調査先を回り実務を経験することでしょう。
このような流れは一般企業でも同様だと思いますが、その 後は一人で実務経験を積んでいくことになります。

新人の場合は修正事項の指摘などが遅れることもあるかと思いますが、そうなりますと、会社の社長も私たちも数日間以上束縛されるということもしばしば経験することもあります。

一人社長の場合、調査期間中は営業もできませんし、もしかしたらその間売上がないかもしれません、といった声も耳にします。
例えば、調査官が3日間調査してもなかなか指摘事項が見つからないと、もう1日調査を要求してくる場合もあります。
しかし、会社側は3日間の予定でスケジュールを組んでいるため、社長は「もういい加減にしてくれ!」「俺たちは営業しなければ金が稼げないのだから」と皆怒ってしまいます。

そうしますと、あと半日だけとの条件でまた上役と一緒に調査に来ることがあります。
そして半日の調査の結果、いくつかの修正事項が出てきます。
新米の調査官ですと、当然時間もかかり指摘点もなかなか出てきません。
それも、正しくやっていて修正事項等出てこないのであれば仕方がないですが、正しいとの判断も上司にあげられない方も中にはいらっしゃるので、それにはこちらも大変困ります。

新人ですので、どの世界にも共通して言えることなのである程度は仕方がないのかもしれませんが・・・