確定申告済へのクレーム？

一度確定申告で通っているものを、これは違いますよと言われることはあるのでしょうか。

相続税の申告書について、税務署は、相続税や譲渡に関しては「資産税課」という所が見ます。
そして、収支計算や毎年の損益については、「所得税課」で見ます。というように、割り当てが違います。

すると、過去の確定申告についてクレームすることは、例えば減価償却のやり方が違うなど、そのようなことに関しては余り言いません。

但し、本来申告しなければいけないもの、例えば相続を起因として何か相続財産ではない保険金に入っていた場合に申告漏れがあると、逆に資産税課の方から所得税課の方に連絡して、こちらの担当者を紹介しますからそちらに修正申告を出してくださいなどと言われることはあります。
しかし、基本的に相続税の担当の方が、毎年の確定申告についてクレームを付けることは殆どありません。

税務署は、縦割り行政であるといわれますが、担当部門で、例えば資産税の特別調査官になると、所得税の方も一緒に見るケースがありますので、それぞれどのような担当官が調査にあたっているかどうかで、どこのエリアまで担当が広がるか、ということもまた変わってきます。
税務署の組織の内容に応じて自分たちも応対をする形になります。